| タイトル | 出荷本数(万本) |
| オールスタープロレスリング1 | 22 |
| FFIX | 282 |
| 劇空間プロ野球 | 68 |
| はたらくチョコボ | 6 |
| FFI(WSC) | 51 |
| バウンサー | 50 |
| ワイルドカード | 4 |
| スクウェアミレニアムコレクション | 23 |
| 既発売タイトル追加出荷 | 1 |
| タイトル | 出荷本数(万本) |
| ベイグラントストーリー | 26 |
| 聖剣伝説LoM | 18 |
| デュープリズム | 11 |
| クロノ・クロス | 43 |
| PE2 | 30 |
| FFIX | 116 |
| Type-S | 5 |
| バウンサー | 30 |
| 既発売タイトル追加出荷 | 57 |
| タイトル | 出荷本数(万本) |
| ベイグラントストーリー | 24 |
| FM3 | 6 |
| PE2 | 29 |
| FFVIII PC | 19 |
| Type-S | - |
| FFIX | 64 |
| 既発売タイトル追加出荷 | 15 |
| 順位 | タイトル | 得票数 | 会社 |
| 1 | ファイナルファンタジーIX | 6,132票 | スクウェア |
| 2 | ドラゴンクエストVII エデンの戦士たち | 4,357票 | エニックス |
| 3 | テイルズ オブ エターニア | 3,784票 | ナムコ |
| 4 | 高機動幻想 ガンパレード・マーチ | 1,688票 | SCEJ |
| 5 | スーパーロボット対戦α | 1,492票 | バンプレスト |
| 6 | 遥かなる時空の中で | 1,114票 | コーエー |
| 7 | 真・三國無双 | 1,012票 | コーエー |
| 8 | バウンサー | 974票 | スクウェア |
| 9 | ARMORED CORE2 | 959票 | フロム・ソフトウェア |
| 10 | 機動戦士ガンダム | 869票 | バンダイ |
| 11 | 機動戦士ガンダム ギレンの野望 ～ジオンの系譜～ | 780票 | バンダイ |
| 12 | 鉄拳TAG TOURNAMENT | 765票 | ナムコ |
| 13 | ベイグラント ストーリー | 720票 | スクウェア |
| 14 | アンジェリーク トロワ | 669票 | コーエー |
| 15 | FAVORITE DEAR 純白の預言者 | 650票 | NECインターチャネル |
| 16 | DOA2 HARD・CORE | 633票 | テクモ |
| 17 | ポポロクロイス物語II | 616票 | SCEJ |
| 18 | ペルソナ2 罰 | 567票 | アトラス |
| 19 | BLACK/MATRIX＋ | 550票 | NECインターチャネル |
| 20 | SDガンダム GGENERATION-F | 531票 | バンダイ |
| 21 | リッジレーサーＶ | 494票 | ナムコ |
| 22 | はじめの一歩 VICTORIOUS BOXERS | 464票 | 講談社 |
| 23 | ブレス オブ ファイアIV うつろわざるもの | 375票 | カプコン |
| 24 | 幻想水滸外伝 vol.1 ハルモニアの剣士 | 341票 | コナミ |
| 25 | こねこもいっしょ～どこでもいっしょ追加ディスク～ | 301票 | SCEJ |
| 26 | 立体忍者活劇 天誅 弐 | 292票 | アクワイア |
| 27 | 三國志VII | 272票 | コーエー |
| 28 | ダーククラウド | 265票 | SCEJ |
| 29 | ワールドサッカー実況ウイニングイレブン 2000 ～U-23メダルへの挑戦～ | 258票 | コナミ |
| 30 | DEAD OR ALIVE 2 | 249票 | テクモ |
| 31 | ぼくのなつやすみ | 239票 | SCEJ |
| 32 | 決戦 | 236票 | コーエー |
| 33 | MotoGP | 226票 | ナムコ |
| 34 | サモンナイト | 222票 | バンプレスト |
| 35 | DINO CRISIS 2 | 213票 | カプコン |
| 36 | 劇空間プロ野球 AT THE END OF THE CENTURY 1999 | 200票 | スクウェア |
| 37 | ～東京魔人學園伝奇 人之章～ 東京魔人學園剣風帖繪巻 | 196票 | アスミック・エース・エンタテインメント |
| 38 | 7（セブン）～モールモースの騎兵隊～ | 188票 | ナムコ |
| 39 | RPGツクール4 | 187票 | エンターブレイン |
| 40 | 天使のプレゼント マール王国物語 | 172票 | 日本一ソフトウェア |
| 41 | 北斗の拳 世紀末救世主伝説 | 170票 | バンダイ |
| 42 | 実況パワフルプロ野球7 | 166票 | コナミ |
| 43 | ときめきメモリアル2 Substories～Dancing Summer Vacation～ | 149票 | コナミ |
| 44 | ミスタードリラー | 132票 | ナムコ |
| 45 | BLOOD THE LAST VAMPIRE | 130票 | SCEJ |
| 46 | ロックマンX5 | 130票 | カプコン |
| 47 | ベアルファレス | 126票 | SCEJ |
| 48 | スキャンダル | 119票 | SCEJ |
| 49 | ETERNAL RING | 115票 | フロム・ソフトウェア |
| 50 | カルドセプト エキスパンション・プラス | 113票 | メディアファクトリー |
| 順位 | 作品 | ハード | 会社 | 販売本数 |
| 3 | ファイナルファンタジーIX | PS | スクウェア | 2,659,222 |
| 16 | 劇空間プロ野球 | PS2 | スクウェア | 482,061 |
| 33 | ベイグラントストーリー | PS | スクウェア | 304,795 |
| 39 | ファイナルファンタジー | WSC | スクウェア | 269,483 |
| 52 | バウンサー | PS2 | スクウェア | 219,858 |
| 64 | オールスター・プロレスリング | PS2 | スクウェア | 185,616 |
| 97 | クロノ・クロス | PS | スクウェア | 123,124 |