ファミ通 2006年3月17日増刊号に掲載。
| 順位 | 作品 | 機種 | 会社 |
| 1 | ファイナルファンタジーX | PS2 | スクウェア |
| 2 | ファイナルファンタジーVII | PS | スクウェア |
| 3 | ドラゴンクエストIII そして伝説へ･･･ | FC | エニックス |
| 4 | ドラゴンクエストVIII 空と海と大地と呪われし姫君 | PS2 | エニックス |
| 5 | 街 | SS | チュンソフト |
| 6 | ファイナルファンタジーIV | SFC | スクウェア |
| 7 | タクティクスオウガ | SFC | クエスト |
| 8 | ファイナルファンタジーIII | FC | スクウェア |
| 9 | ドラゴンクエストVII エデンの戦士たち | PS | エニックス |
| 10 | ゼルダの伝説 時のオカリナ | N64 | 任天堂 |
| 11 | ドラゴンクエストV 天空の花嫁 | SFC | エニックス |
| 12 | 天外魔境Ⅱ 卍MARU | PCE | ハドソン |
| 13 | サクラ対戦 | SS | セガ |
| 14 | ドラゴンクエストIV 導かれし者たち | FC | エニックス |
| 15 | ファイナルファンタジーV | SFC | スクウェア |
| 16 | ゼノギアス | PS | スクウェア |
| 17 | ドラゴンクエストII 悪霊の神々 | FC | エニックス |
| 18 | サクラ大戦３ | DC | セガ |
| 19 | キングダムハーツ | PS2 | スクウェア |
| 20 | ストリートファイターII | SFC | カプコン |
| 21 | スーパーマリオブラザーズ | FC | 任天堂 |
| 22 | ファイナルファンタジーVIII | PS | スクウェア |
| 23 | ときめきメモリアル～forever with you～ | PS | コナミ |
| 24 | ファイナルファンタジーIX | PS | スクウェア |
| 25 | ファイナルファンタジーVI | SFC | スクウェア |
| 26 | メタルギアソリッド３ スネークイーター | PS2 | コナミ |
| 27 | ヴァルキリープロファイル | PS | エニックス |
| 28 | クロノ・トリガー | SFC | スクウェア |
| 29 | キングダムハーツ | PS2 | スクエニ |
| 30 | ドラゴンクエスト | FC | エニックス |
| 31 | ゼルダの伝説 神々のトライフォース | SFC | 任天堂 |
| 32 | ファイナルファンタジーX-2 | PS2 | スクウェア |
| 33 | バイオハザード | PS | カプコン |
| 34 | ドラゴンクエストVI 幻の大地 | SFC | エニックス |
| 35 | F－ZERO | SFC | 任天堂 |
| 36 | サクラ大戦２ | SS | セガ |
| 37 | MOTHER２ ギーグの逆襲 | SFC | 任天堂 |
| 38 | MOTHER | FC | 任天堂 |
| 39 | バーチャファイター | SS | セガ |
| 40 | ドラゴンクエストV 天空の花嫁 | PS2 | エニックス |
| 41 | ゼルダの伝説 風のタクト | GC | 任天堂 |
| 42 | メタルギアソリッド２ サンズ･オブ･リバティ | PS2 | コナミ |
| 43 | おいでよ どうぶつの森 | DS | 任天堂 |
| 44 | テイルズ オブ ジ アビス | PS2 | ナムコ |
| 45 | 伝説のオウガバトル | SFC | クエスト |
| 46 | ゼルダの伝説 | FC | 任天堂 |
| 47 | バーチャファイター２ | SS | セガ |
| 48 | 不思議のダンジョン２ 風来のシレン | SFC | チュンソフト |
| 49 | ソニック・ザ・ヘッジホッグ | MD | セガ |
| 50 | メタルギアソリッド | PS | コナミ |
| 51 | ポケットモンスター 赤/緑 | GB | 任天堂 |
| 52 | イースI・II | PCE | ハドソン |
| 53 | ロマンシング サ・ガ | SFC | スクウェア |
| 54 | ときめきメモリアル | PCE | コナミ |
| 55 | スーパーロボット対戦α | PS | バンプレスト |
| 56 | バイオハザード２ | PS | カプコン |
| 57 | テイルズオブエターニア | PS | ナムコ |
| 58 | デジタルデビル物語 女神転生２ | FC | ナムコ |
| 59 | 真・女神転生 | SFC | アトラス |
| 60 | ファイナルファンタジーII | FC | スクウェア |
| 61 | スーパーマリオワールド | SFC | 任天堂 |
| 62 | トゥハート２ | PS2 | アクアプラス |
| 63 | ファイナルファンタジー | FC | スクウェア |
| 64 | ぷよぷよ | MD | セガ |
| 65 | ファミリースタジアム | FC | ナムコ |
| 66 | ウィザードリィ | FC | アスキー |
| 67 | 北海道連鎖殺人 | FC | アスキー |
| 68 | ファイアーエムブレム 紋章の謎 | SFC | 任天堂 |
| 69 | スーパーマリオカート | SFC | 任天堂 |
| 70 | 真・三國無双３ | PS2 | コーエー |
| 71 | モンスターハンター | PS2 | カプコン |
| 72 | ベストプレープロ野球 | FC | アスキー |
| 73 | グランディア | SS | ゲームアーツ |
| 74 | バイオハザード４ | GC | カプコン |
| 75 | グランツーリスモ４ | PS2 | SCE |
| 76 | グランドセフトオート バイスシティ | PS2 | カプコン |
| 77 | スーパーモナコGP | MD | セガ |
| 78 | トルネコの大冒険 | SFC | チュンソフト |
| 79 | テイルズオブデスティニー | PS | ナムコ |
| 80 | ストリートファイターII ターボ | SFC | カプコン |
| 81 | 真・三國無双２ | PS2 | コーエー |
| 82 | ファイナルファイト | SFC | カプコン |
| 83 | モンスターハンターポータブル | PSP | カプコン |
| 84 | ファイナルファンタジー タクティクス | PS | スクウェア |
| 85 | モンスターハンターG | PS2 | カプコン |
| 86 | 不思議のダンジョン 風来のシレン２ | N64 | チュンソフト |
| 87 | スパルタンX | FC | 任天堂 |
| 88 | ときめきメモリアル～forever with you～ | SS | コナミ |
| 89 | テイルズオブデスティニー２ | PS2 | ナムコ |
| 90 | かまいたちの夜 | SFC | チュンソフト |
| 91 | サクラ大戦４ | DC | セガ |
| 92 | テイルズオブリバース | PS2 | ナムコ |
| 93 | シムシティー | SFC | 任天堂 |
| 94 | Sa・Ga2 秘宝伝説 | GB | スクウェア |
| 95 | ファミリースタジアム'87 | FC | ナムコ |
| 96 | テトリス | GB | 任天堂 |
| 97 | 聖剣伝説２ | SFC | スクウェア |
| 98 | グラディウス | FC | コナミ |
| 99 | スーパーマリオブラザーズ３ | FC | 任天堂 |
| 100 | バイオハザード４ | PS2 | カプコン |
